Trung tâm Y tế Thành Phố Phú Quốc thuộc bệnh viện hạng II (đánh giá theo tiêu chuẩn bệnh viện), nằm trong vùng hải đảo, với quy mô 400 giường kế hoạch.

       Trung tâm Y tế Thành Phố Phú Quốc hiện nay là sự sáp nhập của Trung tâm Dân số-KHHGĐ, Trung tâm Y tế và Bệnh viên Đa khoa huyện Phú Quốc theo Quyết định số 2054/QĐ-UBND ngày 17 tháng 9 năm 2018 của Chủ tịch UBND Tỉnh Kiên Giang về việc thành lập Trung tâm Y tế huyện Phú Quốc.

       Trung tâm Y tế Thành Phố Phú Quốc là đơn vị sự nghiệp y tế công lập có chức năng cung cấp các dịch vụ chuyên môn, kỹ thuật về y tế dự phòng; khám bệnh, chữa bệnh, phục hồi chức năng và các dịch vụ y tế khác theo quy định của pháp luật. Trung tâm Y tế Thành Phố Phú Quốc trực thuộc Sở Y tế, chịu sự chỉ đạo, quản lý trực tiếp về tổ chức, nhân lực, hoạt động, tài chính và cơ sở vật chất của Sở Y tế; chịu sự hướng dẫn về chuyên môn, nghiệp vụ của các đơn vị y tế tuyến tỉnh, Trung ương; chịu sự quản lý nhà nước của Ủy ban nhân dân Thành Phố Phú Quốc theo quy định của pháp luật hiện hành.

Về cơ cấu tổ chức bộ máy, hiện tại Trung tâm Y tế Thành Phố Phú Quốc gồm:

-   Ban Giám đốc: gồm 1 Giám đốc và 2 Phó Giám đốc.

-   6 phòng chức năng: Phòng Tổ chức; Phòng Hành chính; Phòng Kế hoạch - Nghiệp vụ; Phòng Tài chính - Kế toán; Phòng Điều dưỡng; Phòng Dân số - Truyền thông giáo dục sức khỏe.

-   20 khoa chuyên môn: Khoa Kiểm soát bệnh tật và HIV/AIDS; Khoa Y tế công cộng và Dinh dưỡng; Khoa An toàn thực phẩm; Khoa Phẫu thuật - Gây mê hồi sức; Khoa Hồi sức; Khoa Cấp cứu; Khoa khám bệnh; Khoa Nội Tổng hợp; Khoa Nội Tim mạch; Khoa Nhi; Khoa Kiểm soát nhiễm khuẩn; Khoa Y học Cổ truyền; Khoa Ngoại tổng hợp; Khoa Chăm sóc sức khỏe sinh sản; Khoa Răng Hàm Mặt; Khoa Mắt; Khoa Tai Mũi Họng; Khoa Dược - Trang thiết bị - Vật tư y tế; Khoa Xét nghiệm; Khoa Chẩn đoán Hình ảnh.

-   9 trạm Y tế thị xã, phường: Trạm Y tế Phường Dương Đông; Trạm Y tế Phường An Thới; Trạm Y tế xã Dương Tơ; Trạm Y tế xã Cửa Cạn; Trạm Y tế xã Gành Dầu; Trạm Y tế xã Cửa Dương; Trạm Y tế xã Bãi Thơm; Trạm Y tế xã Hàm Ninh; Trạm Y tế xã Thổ Châu.

Thành tích:

Năm 2019 đạt danh hiệu tập thể lao động tiên tiến.

Năm 2020 đạt danh hiệu tập thể lao động tiên tiến.

Năm 2021 đạt danh hiệu tập thể lao động suất sắc.

Năm 2022 đạt danh hiệu tập thể lao động suất sắc.

Năm 2023 đạt danh hiệu tập thể lao động suất sắc.